L'Armée secrète est divisée en cinq zones, divisées elles-mêmes en Secteurs, Refuges ou Groupes.

Zone I: elle couvrait le Hainaut et la province de Namur jusqu'à la rive droite de la Meuse non comprise. Elle comptait 4 secteurs et 13 refuges.

Zone II: elle comprenait la province d'Anvers avec 6 secteurs et 19 refuges et le Limbourg avec 7 refuges. Après quelque temps, en raison de leur grande importance, la ville et le port d'Anvers reçurent un commandement autonome.

Zone III: elle était composée des deux Flandres avec 10 secteurs et 20 refuges.

Zone IV: elle comprenait le Brabant et son prolongement jusqu'à la rive gauche de la Meuse avec 5 secteurs et 19 refuges.

Zone V: elle comprenait la rive droite de la Meuse, la province de Liège, une partie de la province de Namur et la province de Luxembourg avec 7 secteurs et 24 refuges.